Retain or remove a set of taxon variables
Examples
# drop the sequence column
urt %>% select_taxa(-sequence)
#> $samples
#> # A tibble: 217 × 9
#> run condition participant location method plate passes_qc sample sample_id
#> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <dbl> <lgl> <chr> <chr>
#> 1 20161… CON CON100 NF S 3 TRUE CON10… s1
#> 2 20161… CON CON100 N S 3 TRUE CON10… s2
#> 3 20161… CON CON10 NF A 1 TRUE CON10… s3
#> 4 20161… CON CON10 NF S 1 TRUE CON10… s4
#> 5 20161… CON CON11 NF S 1 TRUE CON11… s5
#> 6 20161… CON CON11 N S 1 TRUE CON11… s6
#> 7 20161… CON CON12 NF S 1 TRUE CON12… s7
#> 8 20161… CON CON13 NF S 1 TRUE CON13… s8
#> 9 20161… CON CON13 N S 1 TRUE CON13… s9
#> 10 20161… CON CON14 NF S 1 TRUE CON14… s10
#> # ℹ 207 more rows
#>
#> $taxa
#> # A tibble: 1,957 × 9
#> taxon kingdom phylum class order family genus species taxon_id
#> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr>
#> 1 TACAGAGGGTGCAAGCGTT… Bacter… Prote… Gamm… Pseu… Morax… Mora… catarr… t1
#> 2 TACGTAGGTGGCAAGCGTT… Bacter… Firmi… Baci… Baci… Staph… Stap… aureus… t2
#> 3 TACAGAGGGTGCAAGCGTT… Bacter… Prote… Gamm… Pseu… Morax… Mora… porci t3
#> 4 TACAGAGGGTGCAAGCGTT… Bacter… Prote… Gamm… Pseu… Morax… Mora… bovis/… t4
#> 5 TACGTAGGGTGCGAGCGTT… Bacter… Prote… Beta… Neis… Neiss… Neis… mening… t5
#> 6 TACGTATGTCACAAGCGTT… Bacter… Fusob… Fuso… Fuso… Fusob… Fuso… canife… t6
#> 7 TACGTAGGGTGCGAGCGTT… Bacter… Actin… Acti… Cory… Coryn… Cory… accole… t7
#> 8 TACGGAGGGTGCGAGCGTT… Bacter… Prote… Gamm… Past… Paste… Haem… haemol… t8
#> 9 TACGTATGTCACGAGCGTT… Bacter… Fusob… Fuso… Fuso… Fusob… Fuso… nuclea… t9
#> 10 TACGTAGGGTGCGAGCGTT… Bacter… Prote… Beta… Neis… Neiss… Neis… lactam… t10
#> # ℹ 1,947 more rows
#>
#> $counts
#> # A tibble: 7,693 × 3
#> count sample_id taxon_id
#> <dbl> <chr> <chr>
#> 1 13473 s1 t7
#> 2 10322 s2 t7
#> 3 86 s4 t7
#> 4 19770 s5 t7
#> 5 28209 s6 t7
#> 6 416 s7 t7
#> 7 9508 s8 t7
#> 8 31623 s9 t7
#> 9 130 s10 t7
#> 10 922 s11 t7
#> # ℹ 7,683 more rows
#>
#> $rank_names
#> [1] "kingdom" "phylum" "class" "order" "family" "genus"
#>
#> attr(,"class")
#> [1] "tidytacos"
# keep only the taxon_id and genus columns
urt %>% select_taxa(taxon_id, genus)
#> $samples
#> # A tibble: 217 × 9
#> run condition participant location method plate passes_qc sample sample_id
#> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <dbl> <lgl> <chr> <chr>
#> 1 20161… CON CON100 NF S 3 TRUE CON10… s1
#> 2 20161… CON CON100 N S 3 TRUE CON10… s2
#> 3 20161… CON CON10 NF A 1 TRUE CON10… s3
#> 4 20161… CON CON10 NF S 1 TRUE CON10… s4
#> 5 20161… CON CON11 NF S 1 TRUE CON11… s5
#> 6 20161… CON CON11 N S 1 TRUE CON11… s6
#> 7 20161… CON CON12 NF S 1 TRUE CON12… s7
#> 8 20161… CON CON13 NF S 1 TRUE CON13… s8
#> 9 20161… CON CON13 N S 1 TRUE CON13… s9
#> 10 20161… CON CON14 NF S 1 TRUE CON14… s10
#> # ℹ 207 more rows
#>
#> $taxa
#> # A tibble: 1,957 × 2
#> taxon_id genus
#> <chr> <chr>
#> 1 t1 Moraxella
#> 2 t2 Staphylococcus
#> 3 t3 Moraxella
#> 4 t4 Moraxella
#> 5 t5 Neisseria
#> 6 t6 Fusobacterium
#> 7 t7 Corynebacterium_1
#> 8 t8 Haemophilus
#> 9 t9 Fusobacterium
#> 10 t10 Neisseria
#> # ℹ 1,947 more rows
#>
#> $counts
#> # A tibble: 7,693 × 3
#> count sample_id taxon_id
#> <dbl> <chr> <chr>
#> 1 13473 s1 t7
#> 2 10322 s2 t7
#> 3 86 s4 t7
#> 4 19770 s5 t7
#> 5 28209 s6 t7
#> 6 416 s7 t7
#> 7 9508 s8 t7
#> 8 31623 s9 t7
#> 9 130 s10 t7
#> 10 922 s11 t7
#> # ℹ 7,683 more rows
#>
#> $rank_names
#> [1] "genus"
#>
#> attr(,"class")
#> [1] "tidytacos"