Retain or remove a set of sample variables
Examples
# remove the condition column from the samples table
urt %>% select_samples(-condition)
#> $samples
#> # A tibble: 217 × 8
#> run participant location method plate passes_qc sample sample_id
#> <chr> <chr> <chr> <chr> <dbl> <lgl> <chr> <chr>
#> 1 20161207_ilke_u… CON100 NF S 3 TRUE CON10… s1
#> 2 20161207_ilke_u… CON100 N S 3 TRUE CON10… s2
#> 3 20161207_ilke_u… CON10 NF A 1 TRUE CON10… s3
#> 4 20161207_ilke_u… CON10 NF S 1 TRUE CON10… s4
#> 5 20161207_ilke_u… CON11 NF S 1 TRUE CON11… s5
#> 6 20161207_ilke_u… CON11 N S 1 TRUE CON11… s6
#> 7 20161207_ilke_u… CON12 NF S 1 TRUE CON12… s7
#> 8 20161207_ilke_u… CON13 NF S 1 TRUE CON13… s8
#> 9 20161207_ilke_u… CON13 N S 1 TRUE CON13… s9
#> 10 20161207_ilke_u… CON14 NF S 1 TRUE CON14… s10
#> # ℹ 207 more rows
#>
#> $taxa
#> # A tibble: 1,957 × 10
#> taxon kingdom phylum class order family genus species sequence taxon_id
#> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr>
#> 1 TACAGAGGGT… Bacter… Prote… Gamm… Pseu… Morax… Mora… catarr… TACAGAG… t1
#> 2 TACGTAGGTG… Bacter… Firmi… Baci… Baci… Staph… Stap… aureus… TACGTAG… t2
#> 3 TACAGAGGGT… Bacter… Prote… Gamm… Pseu… Morax… Mora… porci TACAGAG… t3
#> 4 TACAGAGGGT… Bacter… Prote… Gamm… Pseu… Morax… Mora… bovis/… TACAGAG… t4
#> 5 TACGTAGGGT… Bacter… Prote… Beta… Neis… Neiss… Neis… mening… TACGTAG… t5
#> 6 TACGTATGTC… Bacter… Fusob… Fuso… Fuso… Fusob… Fuso… canife… TACGTAT… t6
#> 7 TACGTAGGGT… Bacter… Actin… Acti… Cory… Coryn… Cory… accole… TACGTAG… t7
#> 8 TACGGAGGGT… Bacter… Prote… Gamm… Past… Paste… Haem… haemol… TACGGAG… t8
#> 9 TACGTATGTC… Bacter… Fusob… Fuso… Fuso… Fusob… Fuso… nuclea… TACGTAT… t9
#> 10 TACGTAGGGT… Bacter… Prote… Beta… Neis… Neiss… Neis… lactam… TACGTAG… t10
#> # ℹ 1,947 more rows
#>
#> $counts
#> # A tibble: 7,693 × 3
#> count sample_id taxon_id
#> <dbl> <chr> <chr>
#> 1 13473 s1 t7
#> 2 10322 s2 t7
#> 3 86 s4 t7
#> 4 19770 s5 t7
#> 5 28209 s6 t7
#> 6 416 s7 t7
#> 7 9508 s8 t7
#> 8 31623 s9 t7
#> 9 130 s10 t7
#> 10 922 s11 t7
#> # ℹ 7,683 more rows
#>
#> $rank_names
#> [1] "kingdom" "phylum" "class" "order" "family" "genus"
#>
#> attr(,"class")
#> [1] "tidytacos"
# keep only the sample_id, location and method columns
urt %>% select_samples(sample_id, location, method)
#> $samples
#> # A tibble: 217 × 3
#> sample_id location method
#> <chr> <chr> <chr>
#> 1 s1 NF S
#> 2 s2 N S
#> 3 s3 NF A
#> 4 s4 NF S
#> 5 s5 NF S
#> 6 s6 N S
#> 7 s7 NF S
#> 8 s8 NF S
#> 9 s9 N S
#> 10 s10 NF S
#> # ℹ 207 more rows
#>
#> $taxa
#> # A tibble: 1,957 × 10
#> taxon kingdom phylum class order family genus species sequence taxon_id
#> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr>
#> 1 TACAGAGGGT… Bacter… Prote… Gamm… Pseu… Morax… Mora… catarr… TACAGAG… t1
#> 2 TACGTAGGTG… Bacter… Firmi… Baci… Baci… Staph… Stap… aureus… TACGTAG… t2
#> 3 TACAGAGGGT… Bacter… Prote… Gamm… Pseu… Morax… Mora… porci TACAGAG… t3
#> 4 TACAGAGGGT… Bacter… Prote… Gamm… Pseu… Morax… Mora… bovis/… TACAGAG… t4
#> 5 TACGTAGGGT… Bacter… Prote… Beta… Neis… Neiss… Neis… mening… TACGTAG… t5
#> 6 TACGTATGTC… Bacter… Fusob… Fuso… Fuso… Fusob… Fuso… canife… TACGTAT… t6
#> 7 TACGTAGGGT… Bacter… Actin… Acti… Cory… Coryn… Cory… accole… TACGTAG… t7
#> 8 TACGGAGGGT… Bacter… Prote… Gamm… Past… Paste… Haem… haemol… TACGGAG… t8
#> 9 TACGTATGTC… Bacter… Fusob… Fuso… Fuso… Fusob… Fuso… nuclea… TACGTAT… t9
#> 10 TACGTAGGGT… Bacter… Prote… Beta… Neis… Neiss… Neis… lactam… TACGTAG… t10
#> # ℹ 1,947 more rows
#>
#> $counts
#> # A tibble: 7,693 × 3
#> count sample_id taxon_id
#> <dbl> <chr> <chr>
#> 1 13473 s1 t7
#> 2 10322 s2 t7
#> 3 86 s4 t7
#> 4 19770 s5 t7
#> 5 28209 s6 t7
#> 6 416 s7 t7
#> 7 9508 s8 t7
#> 8 31623 s9 t7
#> 9 130 s10 t7
#> 10 922 s11 t7
#> # ℹ 7,683 more rows
#>
#> $rank_names
#> [1] "kingdom" "phylum" "class" "order" "family" "genus"
#>
#> attr(,"class")
#> [1] "tidytacos"